实质性派生品种制度是平衡原始育种者与实质性派生育种者的利益关系、激励种业原始创新的核心机制。我国于2021年《种子法》首次引入该制度，经2025年《植物新品种保护条例》修订予以细化，再至2026年《农业植物实质性派生品种判定指南（征求意见稿）》明确技术规范，目前已进入落地实施阶段。在阐释实质性派生品种制度国际经验、剖析我国立法创新的基础上，探讨了实质性派生品种的判定方法、举证责任及司法实践等关键议题。研究表明，该制度的有效实施依赖于判定标准的科学性、举证责任分配的合理性及配套检测体系的完善度。未来，我国应着力构建技术标准、法律规则与产业政策相协调的实施体系，为种业原始创新提供坚实的制度保障。