农民留种权是指农民自繁自用植物新品种的权利，是对品种权人权利的限制；农民留种权成立的前提是农民留种行为已经进入到品种权人的权利范围内。以农业为生，分散经营少量耕地的个人、农村承包经营户是农民留种权的主体，是享有自繁自用留种权利的农民。此外，在保护中，还要警惕基因利用限制技术尤其是其中的绝育技术对农民留种权的架空，农民留种权是法律的强制性条款，利用合同限制条款对品种特权进行排除是不合法的。解决好基因利用限制技术和合同限制条款对农民留种权的不利影响，方能处理好农业知识产权保护和农民权益保护的平衡。