本文通过对305份植物新品种权侵权纠纷案件判决书的研究，分析同类案件在侵权责任认定中存在的问题及原因，并提出相应完善建议。研究发现同类案件在司法实践中存在胜诉案件赔偿金额普遍较低、法定赔偿个案适用差异显著、非金钱赔偿责任请求难以得到支持、惩罚性赔偿适用极少等问题。产生上述问题的原因在于：权利人难以完成举证责任、法定赔偿缺乏明确计算标准、非金钱赔偿类型缺乏支持性规则、惩罚性赔偿规定过于宽泛等。为解决这些问题，可以从完善证据规则、建立法定赔偿领域的分级机制、通过更为详细的规则完善惩罚性赔偿适用标准、规范非金钱赔偿类型等方面寻找解决路径。