为探究现阶段中国种子企业创新能力状况，识别影响种业上市公司创新的关键障碍因子，依据30 家A 股种业上市公司2021 年年度财务报告数据，以创新投入和创新产出2 个一级指标、10 个二级指标构建企业创新能力评价指标体系。采用聚类分析将30 家上市企业划分为低度创新类、中度创新类、高度创新类3 个类别。利用因子分析法和障碍度模型，对种业上市公司创新能力进行综合评价。研究结果表明种业上市公司整体创新能力处于低水平层次，企业之间创新能力差异较大。阻碍3 类企业创新发展的因素主要为研发费用、专利数量以及研发人员等。最后从加大研发投入、增加专利数量、重视创新型人才等方面提出建议，为种业上市公司创新能力建设提供理论依据。