利用 1021 个 SNP 标记对 20 份参照物和 100 份地方种质资源的基因型进行分析，结果表明，1021 个 SNP 标记在供试材料中的平均多态性信息含量（PIC）为 0.295，杂合率在 0~29.3% 之间，平均杂合率为 2.5% ；缺失率在 0~19.4% 之间，平均缺失率为 1.7%。120 份地方种质间遗传距离变化范围为 0.453~0.653。根据遗传距离信息，通过 NJ 聚类分析，将供试的 120份地方种质划分为 7 个杂种优势群，划群结果和系谱来源具有较好的一致性，100 份河南地方种质全部聚为一类，被划分为黄源群，表明来自河南的地方种质遗传背景相同，亲缘关系较近，纯合度较高。其中遗传距离最小的 2 个地方种质资源是短腿玉米和黄马牙，纯合度较高，遗传关系最近，遗传距离为 0.010。研究结果可作为杂优模式的选择依据。